小磐石聖經課程是一個設計平衡的課程，即包括個人的讀經，也有團體的分享，以及祈禱和總結講解；結合了個人及團體讀經的幅度，並且包含了教會的教導。
每一個課程平均大約需要6到10個星期的時間，視乎研讀的書的長度而定。
上課期間學員每天在家裡進行個人學習，包括以下的步驟：
1. 祈禱
2. 根據當課的範圍閱讀聖經。
3. 根據學員手冊的問題作反省與探索，並把感想寫下來。
4. 藉著聖經評釋對經文作進一步的研習。
每一周，學員會作一次兩個小時的聚會，步驟如下：
1. 在小組裡作“對談式祈禱”。
2. 分享自己讀經的感想，並聆聽別的組員的分享。
3. 在大組裡聆聽講員分享總結講解。
課程模式
個人讀經及做習題
學員在一個星期裡每天閱讀相同的章節，
並且回答三道問題，以少量而重複的方式，
幫助學員建立起讀經的習慣。
對談式祈禱
以互相回應的方式來作祈禱，
用簡短的話表達對天主的感恩、
向天主祈求、及為別人代禱。
這個短短的團體祈禱，
把整個讀經聚會迅速的帶入祈禱的氛圍。
小組分享
學員把自己在該星期裡的學習心得、
感受及體驗與別人分享。在聖神的帶領之下，
透過聆聽不同人的分享，
往往得以激發學員對經文有更深的了解。
總結講解
利用現代化的多媒體方式，
把每一課的主題及要點呈獻給學員，
並且融入講員本身的體驗，
兼顧了聽覺型、視覺型及感覺型學員的需要。